مازال الخلاف يضرب جهاز الامن والمخابرات السوداني اذ وصل الحال الى احالة العديد من الضباط الى المعاش والتنقلات الكبيرة في صفوف الضباط، وتمثلت التحركات في إعفاء عدد من الضباط بلغ عددهم 15 ضابط كان أبرزهم اللواء محمد خير الكناني – عمل مدير للقطاعات ورئيش هيئة العمليات وتم نقله للرئاسة قبل 4 أشهر وتم ترقيته هناك من عميد للواء وكان من اوائل الذين تم إعفائهم من الخدمة، وجارية الاتصالات لمعرفة بقية الذين تم إعفائهم.
وعلى اثر هذه الخلافات الحادة إنتظمت إجتماعات بمبنى المخابرات بالرئاسة طوال يومي الخميس والجمعة وكانت الإجتماعات خاصة بالأمن الخارجي حيث تم إسادعاء عدد 50 ضابط من مختلف البعثات الدبلوماسية بالخارج من سفارات وقنصليات وهناك تنقلات كبيرة تجري الآن.
وفي صعيد ذا صله في يوم السبت الموافق 07/07/2012 تم إستدعاء عدد من صغار ضباط المهندسين لمبنى الإستخبارات بالقيادة العامة، كان هؤلاء الضباط يوم الخميس ليلة الجمعة يتناقشون عن الأوضاع في البلاد والحالة المعيشية وأوضاع الجيش بصورة عامة بسخط وإنتقاد طوال اليل، وكان أحد أفراد الإستخبارات موجود فقام بإصال كل هذا الحديث لرئاسته –
التي قامت بإستدعائهم جميعا، وتم التحقيق معهم عبرالعقيد إستخبارات حسن الشنبلي فيما كانوا يتداولونه بينهم من حديث وبعد إنتهاء التحقيق تم زجرهم وطلبوا منهم عدم الخوض في أي حديث يسبب لهم المشاكل أو يجلب لهم الشبهات وأن الإستخبارات صاحية تسمع وترى أي ظاهرة سالبة داخل الجيش وأن البلاد الآن في حالة لا ينقصها أي نوع من أنواع التململ في الجيش.